对这个有所了解，上学期的曹老师的“生化分析课”，鄙人做过关于这个方面的presentation，就来说说吧，欢迎大家补充交流。
首先，目前尚不了解蛋白质－蛋白质相互作用的结构基础。即使两种蛋白质的结构已知，并知道它们会发生相互作用，我们仍没有把握在原子水平上准确预测它们将如何发生相互作用。可以说这一问题和蛋白质“折叠问题”的难度不相上下；其次，蛋白质－蛋白质相互作用存在着惊人的多样性。直到现在，蛋白质数据库（Protein Date Base）中的蛋白质－蛋白质复合体大多数都只是抗体－抗原和蛋白酶－抑制剂复合体，这些都是“经典”的复合体。
关于蛋白质互作的实验方法很多，了了总结如下：
（1）活细胞中蛋白质－蛋白质相互作用；包括荧光共振能量转移显微技术、应用流式细胞分析和荧光共振能量转移检测活体细胞内分子间相互作用、荧光相关谱技术－定量检测分子相互作用的新型技术、共聚焦显微镜检测细胞内蛋白质的共定位、蛋白质片断互补法分析生物化学网络以及细胞内化学【蛋白质】交联法。
（2）在异种系统中检测蛋白质－蛋白质相互作用；如基于转录激活的细菌双杂交系统、应用酵母双杂交系统检测相互作用的蛋白质、双诱饵酵母杂交系统分析蛋白质－蛋白质相互作用、用于膜蛋白研究的分裂泛素教母双杂交系统、反向酵母双杂交技术、哺乳动物细胞双杂交分析检测体内蛋白质互作以及对转染细胞进行免疫共沉淀。
（3）离体实验方法；包括等温滴定热分析技术检测蛋白质－蛋白质相互作用、应用圆二色光谱分析蛋白质－蛋白质相互作用、核磁共振光谱分析蛋白质－蛋白质相互作用、表面等离子共振技术研究视紫红质－G蛋白相互作用、使用光散射技术确定蛋白质复合物的化学计量、沉降平衡研究、模拟小区带凝胶过滤色谱法检测蛋白质－蛋白质相互作用、荧光偏振实验技术定量研究蛋白质－蛋白质相互作用、通过印迹叠加或Far Western印迹研究蛋白质－蛋白质相互作用、GST融合技术研究蛋白质－蛋白质相互作用、在靶向药物发现中应用亲和毛细血管电泳分析蛋白质－蛋白质相互作用、羟基蛋白质足迹法筛选蛋白质－配体相互作用和利用噬菌体展示和多价大分子技术设计蛋白质－蛋白质相互作用抑制剂等等
基于不同的实验目的和实验对象，设计选用合适的方法。蛋白质的信号网络，其实就是从研究蛋白质－蛋白质相互作用开始，蛋白质作用网络的构建是蛋白组研究的重要版块。
另外，最近发展起来的蛋白质－蛋白质相互作用的计算机预测，也是一条不错的途径。蛋白质相互作用的的计算机算法包括：从蛋白质序列的原始数据中识别模块结构域及序列基序、依靠基于特定序列的算法模拟某种蛋白质的结构域与另一种蛋白质的基序间的结合，并以此建构筑可行的相互作用网络。其中预测蛋白质模块结构域的计算机算法已经十分成熟但要鉴别出这些模块所识别的短基序则比较困难。
互联网上也有十分丰富的研究蛋白质－蛋白质相互作用的网络资源，这里就不再多说啦～～鄙人蛮喜欢这个领域的，以后还要继续多多关注。 本帖最后由 kennelman 于 2009-10-30 10:16 编辑
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本帖最后由 GeneDog 于 2009-10-26 14:00 编辑 